El Instituto de Arqueología (IA) fue creado el 20 de marzo 2007 (Resolución CD 1588). Su fundación representa la culminación de una larga trayectoria de desarrollo de la arqueología en el ámbito de la Facultad de Filosofía y Letras. Hitos importantes en este recorrido fueron la creación del Museo Etnográfico “Juan B. Ambrosetti” (1904), la del Instituto Interdisciplinario Tilcara y el Museo Arqueológico “Dr. Eduardo Casanova” (1968) y el establecimiento de la Licenciatura en Ciencias Antropológicas (1958), que actualmente cuenta con una orientación en Arqueología. El antecedente directo de la creación del IA fue la Sección Arqueología (ex Sección Prehistoria y ex Centro de Estudios Prehistóricos) del Instituto de Ciencias Antropológicas. El primer director del IA fue Guillermo Luis Mengoni Goñalons, quien desempeñó estas funciones entre 2008 y 2017.
Actualmente trabajan en el Instituto de Arqueología 115 investigadores y becarios cuyas investigaciones se desarrollan en todo el territorio argentino, desde la Patagonia hasta el Noroeste. Cuenta con laboratorio, biblioteca especializada (Biblioteca del IA), repositorio digital (IA:Digital dentro del Repositorio FILO:Digital), archivo institucional (Archivo y Memoria), un área de conservación (Conservación y Colecciones) y una de extensión y comunicación (Comunicación Pública). El IA publica, además, la revista científica Arqueología, categorizada Q1 por el Scimago Journal & Country Rank (Revista Arqueología). Desde 2023 la dirección del Instituto se encuentra a cargo de Axel Nielsen y la Secretaría Académica de Verónica Seldes.